สถาบันนโยบายวิทยาศาสตร์ เทคโนโลยีและนวัตกรรม(Science Technology and Innovation Policy: STIPI) ได้กำหนดพันธกิจหลักของสถาบันไว้ 4 ประการ
• ทำวิจัยนโยบาย วทน. ในรูปของแผนงาน โครงการ กิจกรรม เพื่อสนับสนุนการกำหนดและผลักดันนโยบายระดับประเทศและภูมิภาค
• เพื่อสร้างและยกระดับบุคลากรด้านวิจัยนโยบาย วทน.
• เพื่อพัฒนาโครงสร้างพื้นฐานและเครื่องมือในการการวิจัยและกำหนดนโยบาย วทน. เช่น ฐานข้อมูล วทน./กำลังคน วทน. ดรรชนีความสามารถด้าน วทน. ความร่วมมือระหว่างองค์กร ฯลฯ
• เพื่อสนับสนุนการทำวิจัยนโยบายภายใน มจธ.